دکتر سید مصطفی ساداتی ارمکی در روستای ارمک کاشان، در خانواده‌ای مذهبی و با ریشه‌های فرهنگی متولد شد. او در محیطی پرورش یافت که ارزش‌های دینی و ملی در آن جایگاه ویژه‌ای داشت. هوش و علاقه او به علوم از همان کودکی او را به سوی مسیری درخشان در علم هدایت کرد.

او با فهیمه مقیمی وامرزانی، فرزند شهید حسن مقیمی وامرزانی، ازدواج کرد. این زوج صاحب سه فرزند شدند: ریحانه‌سادات (۱۵ ساله)، فاطمه‌سادات (۸ ساله)، و سید علی (۵ ساله). خانواده ساداتی در خانه‌ای ساده در منطقه نارمک تهران زندگی می‌کردند و به گفته نزدیکان، نمونه‌ای از یک خانواده متدین و منسجم بودند. فهیمه مقیمی، به عنوان همسر یک دانشمند هسته‌ای، نقشی حمایتی و معنوی در زندگی دکتر ساداتی داشت و همراه فرزندانشان، زندگی‌ای سرشار از محبت و تعهد به ارزش‌های اسلامی و انقلابی را پیش می‌بردند.

دکتر سید مصطفی ساداتی تحصیلات خود را در رشته فیزیک هسته‌ای دنبال کرد و موفق به اخذ مدرک دکتری از یکی از دانشگاه‌های معتبر ایران شد. او به دلیل هوش و پشتکارش در دوران تحصیل، به عنوان یکی از دانشجویان برجسته شناخته می‌شد. تحقیقات او بر حوزه‌های حساس فیزیک هسته‌ای متمرکز بود که نقش مهمی در پیشبرد برنامه‌های علمی و فناوری ایران داشتند.