در راستاي نگرش مسئولان دانشگاه در رشد و توسعه رشته هاي مقاطع تحصيلات تکميلي و خصوصاً مقطع دکتري، با موافقت شوراي گسترش آموزش عالي وزارت علوم، تعداد کد رشته هاي مقطع دکتري به ۱۳ رشته رسيد.

رشته هاي حال حاضر مقطع دکتري در دانشگاه حکيم سبزواري به شرح ذيل مي باشد:

* زبان و ادبيات عرب، * مهندسي برق-الکترونيک، * مهندسي پزشکي-بيو الکتريک، * تربيت بدني و علوم ورزشي-فيزيولوژي ورزشي، * رياضي-جبر، * آموزش زبان انگليسي، * جغرافياي طبيعي-ژئومورفولوژي، * فيزيک هسته اي، * رياضي-آناليز، * شيمي-معدني ، * مهندسی مکانيک –  * مهندسی مواد  * زبان و ادبیات فارسی